Chimera使用教程01一招教你学

蛋白质与生命活动及生理功能密不可分,蛋白质的功能依赖于蛋白质分子的固有结构复杂性,并且部分基于每个蛋白质结合特定配体的能力。在蛋白与配体相互作用过程中,一些氨基酸残基具有至关重要的作用,当这些氨基酸残基发生突变时,会造成蛋白质的物理化学性质、结构与功能等一系列的变化。本期内容就为大家分享在Chimera进行氨基酸的单点突变的操作方法。

天然氨基酸突变

本文中我们以Nudix水解酶MTH1为例,首先导入蛋白结构,在菜单栏点击“File-fetchbyID”,输入PDBID:1B27;

然后在菜单栏点击“Tool-Sequence-Sequence-选择ChainA-Show,可以看到ChainA的序列;

在序列面板中可通过鼠标左键按住并拖动的方式选择氨基酸,这里我们选择对号氨基酸甲硫氨酸进行突变,选中该氨基酸然后鼠标右键在显示窗口中放大并居中显示;

为了方便观察,在菜单栏点击“Action-Atom/Bonds-Show”把氨基酸展示出来;

类似的,为了方便观察氨基酸突变后突变氨基酸周围残基的变化,我们将突变氨基酸5埃范围内的残基也显示出来。在菜单栏点击“Select-Zone-勾选5.0Aangstromsfromcurrentlyselectedatoms-OK”选中周围5范围内的残基,然后点击“Action-Atom/Bonds-Show”将它们显示出来;

下面取消所有选择,重新选择甲硫氨酸,接下来在菜单栏点击“Tools-Structureediting-Rotamers”在打开的面板中,“Rotamer”选择“LEU”即亮氨酸,“Rotamerlibrary”可以选择Rotamer库,包括Dunbrack、Dynameomics、Richardson(


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