蛋白质与生命活动及生理功能密不可分，蛋白质的功能依赖于蛋白质分子的固有结构复杂性，并且部分基于每个蛋白质结合特定配体的能力。在蛋白与配体相互作用过程中，一些氨基酸残基具有至关重要的作用，当这些氨基酸残基发生突变时，会造成蛋白质的物理化学性质、结构与功能等一系列的变化。本期内容就为大家分享在Chimera进行氨基酸的单点突变的操作方法。
天然氨基酸突变
本文中我们以Nudix水解酶MTH1为例，首先导入蛋白结构，在菜单栏点击“File-fetchbyID”，输入PDBID：1B27；
然后在菜单栏点击“Tool-Sequence-Sequence-选择ChainA-Show，可以看到ChainA的序列；
在序列面板中可通过鼠标左键按住并拖动的方式选择氨基酸，这里我们选择对号氨基酸甲硫氨酸进行突变，选中该氨基酸然后鼠标右键在显示窗口中放大并居中显示；
为了方便观察，在菜单栏点击“Action-Atom/Bonds-Show”把氨基酸展示出来；
类似的，为了方便观察氨基酸突变后突变氨基酸周围残基的变化，我们将突变氨基酸5埃范围内的残基也显示出来。在菜单栏点击“Select-Zone-勾选5.0Aangstromsfromcurrentlyselectedatoms-OK”选中周围5范围内的残基，然后点击“Action-Atom/Bonds-Show”将它们显示出来；
下面取消所有选择，重新选择甲硫氨酸，接下来在菜单栏点击“Tools-Structureediting-Rotamers”在打开的面板中，“Rotamer”选择“LEU”即亮氨酸，“Rotamerlibrary”可以选择Rotamer库，包括Dunbrack、Dynameomics、Richardson（