蛋白三维结构是理解其生物学功能和进行基于结构的药物设计的重要基础。对于未测定的蛋白三维结构，可通过计算模拟的手段来构建蛋白质的三维结构。同源建模（HomologyModeling）是其中一种常用且准确度较高的方法，同源建模的基本假设是：如果未知结构蛋白A与已知结构蛋白B之间具有序列、结构和功能上的同源性，则蛋白A可以以蛋白B为模版来构建其全原子三维结构。常用的同源建模软件有许多，如：SWISS-MODEL，Robetta、RaptorX、MODELLER、SCWRL等，其中MODELLER是一款著名的蛋白质三维结构同源模建、比较建模软件。MODELLER可根据用户提供的序列和已知的同源蛋白结构，自动生成不含氢原子的模型，但是MODELLER没有图形界面，对新手来说并不是特别友好。在ChimeraX中提供了MODELLER程序的一个接口，可以安装在本地，也可以运行在UCSFRBVI托管的Web服务上。
本期内容一木就以构建鸟分枝杆菌（Mycobacteriumavium）的二氢叶酸还原酶（dihydrofolatereductase，UniProtid:O）的同源性模型为例，为大家分享如何在ChimeraX中基于MODELLER进行单链蛋白的同源模建。导入目标序列
在Uniprot下载目标序列文件，地址如下，下载.fasta格式文件；