在前面“ChimeraX使用教程--单链蛋白的同源建模”的推文中，我们为大家分享了在ChimeraX中基于MODELLER进行单链蛋白同源模建的步骤，但是没有对如何复制模板中的配体分子、水分子等进行说明，本期内容对未尽之处进行补充说明，并且为大家介绍在ChimeraX中基于MODELLER进行蛋白复合体的同源模建方法。
建模时的高级设置
我们依然以构建鸟分枝杆菌（Mycobacteriumavium）的二氢叶酸还原酶（dihydrofolatereductase，UniProtid:O）的同源性模型为例，在进行构建模型的步骤中，除了基础设置外，还有高级设置“Advancedsettings”。
在序列搜寻的结果“BlastProteinResults”面板中，我们之前选择了6UWQ作为模板蛋白，可以看到该结构中包含了三个非水HETATM残基“NAP”、“QKJ”以及“EDO”，很多时候，我们希望目标蛋白结构中包含模板蛋白中的配体分子，这时建模时就需要高级设置了；
打开“ModellerComparative”面板后，在“Options”处切换至“Advanced”选项卡，可以看到有几个复选框可以勾选，其中“Includenon-waterHETATMresiduesfromtemplate”表示构建的模型会包含来自模板的非水HETATM残基（配体、离子、去污剂等），假如模板中有多个非水HETATM残基，而我们不是全部都需要，可以事先在模板蛋白中将不需要的非水HETATM残基删除；
此外，“Buildmodelswithhydrogens”可以选择是否在输出模型中包含氢原子；“Includewatermoleculesfromtemplate”可以选择是否包含模板中的水分子；“Usefast/approximatemode（producesonlyonemodel）”可以选择是否开启快速/近似模式，开启后计算速度会快约3倍，但这种模式不随机化起始结构（只生成单个模型），并且很少对目标函数进行优化；“Temporaryfolderlocation（optional）”可以选择临时文件夹的位置，如果不设置，将自动生成一个位置。
模型构建完成后，可以看到目标蛋白结构中包含了配体分子、水分子，并且添加了氢原子。
建模结果
建模完成后，会自动打开“ModellerResults”面板，记录了模型结果，其中GA为模型评分，来源于统计势，较高的值意味着更好的模型，0.7的模型通常表示可靠的模型；
zDOPE为归一化的离散优化蛋白质能量（DOPE），一种原子距离依赖性统计评分，较低的值表示更好的模型，而0的值通常表示一个可靠的模型。
此外，“ModellerResults”面板中鼠标右键可以找到“FetchAdditionalScores”选项，可以使用SaliLab模型评估服务器获取附加分数。需要注意的是，使用评估服务器同样需要Modeller的许可证密钥。
蛋白复合体的同源建模
在前面的推文“PyMOL教程
基于MODELLER进行蛋白质复合体的同源建模”中，我们为大家介绍了在PyMOL中基于MODELLER进行蛋白质复合体的同源建模的方法，而在ChimeraX中同样是可以基于MODELLER进行蛋白质复合体的同源建模，由于都是使用MODELLER，所以在基本的操作思路上是相同的。大致来说，就是在进行多聚体建模时，需要为每个独特的链分别建立一个单独的模型。例如，建模α2β2四聚体需要模板结构也是α2β2四聚体，其两个α亚基与含有目标α序列的模板蛋白进行序列比对，其两个β亚基与含有目标β序列的另一个模板蛋白进行序列比对。
相信大家通过“PyMOL教程
基于MODELLER进行蛋白质复合体的同源建模”以及“ChimeraX使用教程--单链蛋白的同源建模”两篇推文的学习，可以很容易就掌握蛋白复合体同源模建的方法，这里就不再赘述了。
修复缺失残基
我们从数据库中下载的蛋白晶体结构很多都会存在残基或loop缺失的情况，相信使用过Modeller的小伙伴都知道，Modeller可以修复这些缺失的残基，同样的在ChimeraX中，可以调用Modeller来进行缺失残基的修复。
熟悉了同源建模的步骤，修复缺失残基将变得非常容易。在菜单栏点击“Tools-StructurePrediction-ModelLoops”可打开ModelLoops面板，在该面板中选择完整的序列；
在ChimeraX中导入需要修复缺失残基的蛋白结构，设置中很多都与同源建模时的步骤一样，“Model”大多数情况都可选择“allmissingstructure”表示修复所有的缺失结构；也可选择“internalmissingstructure”只修复结构相对于相关序列的所有非末端缺失部分或者“activesequence-viewerregion”修复当前的活动序列。
下图为修复缺失残基的一个例子，左图虚线处为缺失残基部分，右图为修复后的结构。
参考资料：
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